生物
昆虫・動物骨格・維管束植物などを収集しています。
まとまった資料としては、関コレクション（チョウ）、井原コレクション（チョウ・蛾）、飯島コレクション（陸生貝類）などを保管しています。

地質
動物化石・植物化石・微化石・岩石・鉱物などを収集しています。
富草の化石を中心にした近藤恭一さんのコレクションを保管しています。

公開中のデータベース（順次増やしていきます）

• 維管束植物データベース（サイエンスミュージアムネット内に含まれています）